Bioinformatique appliquée (BI402)
L2 - Parcours 'Biologie Cellulaire' et 'Biochimie et Chimie Biopharmaceutique'
Résumé
Initiation aux outils bioinformatiques par la pratique (sur Internet): centres de ressources nationaux et internationaux de bioinformatique, banques de données publiques (moléculaires, fonctionnelles, bibliographiques), outils de fouille de données par l'annotation ou par les similarités de séquences (nucléiques ou protéiques).
Le cours "Bioinformatique appliquée" (BI4U2) sera enseigné parallèlement
- par Jacques van Helden sur les campus de Luminy
- par Emese Meglécz sur le campus de Saint Charles.
Les sujets abordés seront similaires, mais chaque enseignant utilisera ses propres supports visuels (diapos) pour les CM. Par contre, les TD et les évaluations seront identiques entre les deux campus.
Site web du cours
Le site pedagogique sur AMETICE : S4 - SBI4U2 Bioinformatique appliquée
Phylogénie moléculaire - Bioinformatique (BI5U30)
L3 - Parcours 'Biologie des organismes et Evolution'
Résumé
Ce module a pour objectif de familiariser les étudiants avec les ressources et les outils couramment utilisés en bioinformatique. Ils devront acquérir une bonne connaissance des bases de données et des outils nécessaires à la recherche d'information biologique dans les banques de données, ainsi que les rudiments de l'analyse de séquences. Seront également abordées les méthodes de reconstructions phylogénétiques (phénétique, cladistique). Ils pourront ainsi avoir les outils nécessaires pour distinguer/discuter la notion arbre des gènes versus arbre des espèces. Pour cela ils étudieront des groupes taxonomiques qu'ils auront étudié au cours de leur cursus à l'aide de caractères morphologiques. Ce travail se fera à partir de jeux de données présents dans des articles scientifiques.
Le site pedagogique du cours est sur AMETICE; S5 - BI530 - Phylogénie moléculaire, Bioinformatique 1
Programmation (BI532)
L3 - Parcours 'Biologie des Organismes et Evolution'
Résumé
L'étude des questions biologiques actuelles nécessite l'acquisition de données qui peuvent être conséquentes (jusqu'à plusieurs millions d'observations). La gestion puis l'analyse de telles données est donc conditionnée à la maîtrise de la programmation informatique. Ce module a pour objectif de familiariser les étudiants avec deux langages de programmation : Perl et R. L'enseignement s'appuiera sur des exemples biologiques réels et sur les méthodes d'analyses étudiées dans les modules de biostatistique, bioinformatique et génomique des populations. Les étudiants devront réaliser un projet écrit en s'appuyant sur un exemple biologique ayant nécessité l'utilisation de programmes sous R et/ou Perl. L'objectif étant de permettre aux étudiants de maîtriser la quantité de données générées par les nouvelles techniques de séquençage (ou génotypage) haut débit sans que cela n'altère la qualité de l'analyse.
Le site pedagogique du cours est sur AMETICE; S5 - BI532 - Programmation pour BOE